A questão jurídica central (ratio decidendi) do Tema 1099 consiste em determinar o alcance constitucional da expressão 'operações relativas à circulação de mercadorias' prevista no art. 155, II, da Constituição Federal, especificamente se o mero deslocamento físico de bens entre estabelecimentos de um mesmo contribuinte, situados em diferentes estados, configura fato gerador do ICMS.
O STF reafirmou que a 'circulação de mercadorias' exigida pela Constituição Federal para fins de incidência do ICMS é a circulação jurídica, caracterizada pela efetiva transferência de titularidade do bem, e não a mera circulação física ou econômica. Enquanto não houver mudança de proprietário e o deslocamento representar apenas uma etapa interna do ciclo produtivo ou logístico do próprio contribuinte, inexiste fato gerador do imposto.
Os principais dispositivos legais e constitucionais invocados foram: (i) art. 155, II, da Constituição Federal, que outorga aos estados competência para instituir o ICMS sobre 'operações relativas à circulação de mercadorias'; (ii) art. 150, I, da Constituição Federal (princípio da legalidade tributária); (iii) art. 12, I, e arts. 11, § 3º, II, e 13, § 4º, da Lei Complementar nº 87/1996 (Lei Kandir), que preveem a tributação na saída de mercadoria de estabelecimento, ainda que para outro do mesmo titular, e definem a autonomia de cada estabelecimento; e (iv) Código Tributário do Estado de Mato Grosso do Sul.
O acórdão destacou que a jurisprudência do STF sobre o tema remonta à ordem constitucional anterior, tendo sido declarados inconstitucionais dispositivos estaduais que previam a incidência do ICM no deslocamento de matéria-prima entre estabelecimentos da mesma empresa (os chamados 'casos da cana própria': Representações 1.181-PA, 1.292-MS, 1.355-PB e 1.394-AL). Sob a Constituição de 1988, o entendimento foi consolidado no RE nº 158.834/SP (Tribunal Pleno) e reafirmado no Tema nº 297 (RE nº 540.829/SP), no qual ficou assentado que a expressão 'circulação de mercadorias' para fins de incidência do ICMS somente é caracterizada pela transferência de titularidade do bem.
O STJ, por sua vez, já havia editado a Súmula nº 166 ('Não constitui fato gerador do ICMS o simples deslocamento de mercadoria de um para outro estabelecimento do mesmo contribuinte') e fixado tese análoga no Tema nº 259 (repetitivos). O STF observou que, a despeito dessa orientação pacífica, persitiam divergências em tribunais estaduais e nas administrações tributárias estaduais, especialmente em razão da redação do art. 12, I, da LC nº 87/1996, que nominalmente prevê a tributação na saída para outro estabelecimento do mesmo titular.
O acórdão também registrou a existência da ADC nº 49, por meio da qual um governador de estado buscava a declaração de constitucionalidade dos arts. 11, § 3º, II; 12, I; e 13, § 4º, da LC nº 87/1996, sustentando a opção legislativa pela tributação das transferências interestaduais entre estabelecimentos autônomos do mesmo sujeito passivo. Essa ação paralela demonstrava a relevância e a controvérsia em torno do tema, reforçando a necessidade de o STF firmar tese vinculante em sede de repercussão geral.
O julgamento foi por maioria no mérito: o Ministro Marco Aurélio foi vencido, e a Ministra Cármen Lúcia votou vencida quanto ao reconhecimento da repercussão geral e da matéria constitucional. O Ministro Marco Aurélio, embora reconhecesse a repercussão geral, manifestou posição divergente quanto ao mérito, defendendo que a questão deveria ser apreciada com sustentação oral e não no Plenário Virtual.