A questão jurídica central consistia em determinar qual dos dois precedentes de repercussão geral do STF deveria ser aplicado aos programas FOMENTAR e PRODUZIR: o Tema 42 (RE 572.762) ou o Tema 653 (RE 705.423).
O Tema 42, julgado em 2008, fixou que 'a retenção da parcela do ICMS constitucionalmente devida aos municípios, a pretexto de concessão de incentivos fiscais, configura indevida interferência do Estado no sistema constitucional de repartição de receitas tributárias.' Naquele caso, analisava-se o Programa de Desenvolvimento da Empresa Catarinense (PRODEC), no qual o ICMS era integralmente recolhido pelo contribuinte e, após ingressar nos cofres públicos, parte da receita era devolvida às empresas via fundo estadual. O STF entendeu que, nessa hipótese, o tributo já havia se convertido em receita pública e que a sua retenção posterior violava o sistema constitucional de partilha.
O Tema 653, por sua vez, fixou ser constitucional a concessão regular de incentivos e isenções fiscais pela União em relação ao Fundo de Participação dos Municípios, com base no conceito técnico de 'produto da arrecadação': a repartição deve incidir sobre o que efetivamente ingressou nos cofres públicos, não sobre o tributo meramente devido.
O relator, Min. Gilmar Mendes, realizou um distinguishing em relação ao Tema 42, demonstrando que os programas goianos apresentam estrutura fática distinta do PRODEC catarinense. Nos programas FOMENTAR e PRODUZIR, os contribuintes não recolhem 100% do ICMS para depois receber de volta parte do valor; ao contrário, eles simplesmente não recolhem a parcela diferida (70% ou 73%), que permanece escriturada como saldo devedor a ser pago futuramente. Não há, portanto, ingresso efetivo dessa parcela nos cofres estaduais, razão pela qual ela não se enquadra no conceito técnico de 'produto da arrecadação' e não pode ser exigida como base de cálculo do repasse municipal imediato.
O fundamento central adotado é o de que a obrigação constitucional de repasse aos Municípios (art. 158, IV, CF/88) recai sobre o 'produto da arrecadação', expressão que deve ser interpretada segundo seu conceito técnico: o tributo efetivamente recolhido e que gerou receita pública para o Estado. A definição de receita pública utilizada pelo acórdão, com apoio na doutrina clássica de Aliomar Baleeiro, exige que o valor ingresse no patrimônio público de forma definitiva, sem correspondência no passivo.
O acórdão também registrou que os programas, embora utilizassem impropriamente os termos 'empréstimo' e 'financiamento', foram convalidados pelo CONFAZ e pela Lei Complementar 160/2017, enquadrando-se como benefícios fiscais legítimos. O entendimento foi firmado por maioria, vencido o Min. Alexandre de Moraes, que defendia a aplicação do Tema 42 e a impossibilidade de o Estado repassar ao Município os ônus de sua escolha política de diferimento.
Em embargos de declaração julgados em junho de 2023, o STF, por unanimidade, acolheu parcialmente o recurso do Município e aplicou modulação de efeitos. Em seguida, em novos embargos opostos pelo Estado de Goiás (ED-ED), o STF, por maioria, restringiu o alcance da modulação: ficam preservados apenas os valores já efetivamente pagos aos Municípios até a data de publicação da ata de julgamento do mérito do Tema 1.172, sendo admissível o ajuizamento de ações rescisórias pelo Estado em relação às decisões transitadas em julgado que determinavam repasses antecipados. Esse segundo julgamento de embargos foi redigido pelo Min. Edson Fachin, vencidos os Min. Gilmar Mendes, Alexandre de Moraes, Rosa Weber e Dias Toffoli.