Até 1999, as sociedades cooperativas gozavam de isenção da COFINS (Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social) e do PIS (Programa de Integração Social) com base em dispositivo da Lei Complementar nº 70/1991. A partir daquele ano, o Governo Federal editou a Medida Provisória nº 1.858/1999, que revogou essa isenção. As cooperativas contestaram judicialmente a validade dessa revogação, alegando que uma Medida Provisória não poderia 'cancelar' um benefício criado por lei complementar — que, em tese, tem hierarquia superior na escala normativa.
O Supremo Tribunal Federal, no Tema 177 da Repercussão Geral, julgou válida a revogação. O raciocínio central é que a Lei Complementar nº 70/1991, apesar do nome, tratou de matéria que não exige, pela Constituição, esse tipo especial de lei. Isenção tributária é matéria de lei ordinária. Por isso, a LC nº 70/1991 foi considerada 'complementar apenas no nome', podendo ser alterada por qualquer ato normativo de nível ordinário — inclusive por Medida Provisória.
Outro argumento importante: a Constituição Federal determina que as cooperativas recebam 'adequado tratamento tributário' (art. 146, III, 'c'), mas isso não significa que estejam automaticamente isentas de tributos. O STF entendeu que 'adequado' quer dizer 'condizente com a realidade das cooperativas', e não necessariamente 'favorecido' ou 'desonerado'. Enquanto não for editada uma lei complementar específica regulamentando esse tratamento, o legislador ordinário tem liberdade para conceder ou revogar benefícios fiscais.
Do ponto de vista prático, a decisão tem dois desdobramentos importantes:
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INCIDÊNCIA SOBRE ATOS COM TERCEIROS: As cooperativas de serviços (como cooperativas médicas) devem recolher PIS e COFINS sobre as receitas obtidas nas relações com pessoas que não são cooperadas — por exemplo, quando uma cooperativa médica recebe pagamentos de planos de saúde ou de pacientes particulares.
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NÃO INCIDÊNCIA SOBRE ATOS INTERNOS: Os 'atos cooperativos típicos', que são as operações realizadas diretamente entre a cooperativa e seus próprios associados (cooperados) na busca dos objetivos da entidade, não são alcançados pelas contribuições, pois não configuram operação de mercado nem geram receita tributável.
Ainda, o STF manteve a inconstitucionalidade do alargamento da base de cálculo da COFINS promovido pela Lei nº 9.718/1998, de modo que a tributação incide apenas sobre a receita bruta das vendas de mercadorias ou da prestação de serviços, e não sobre a totalidade de receitas da cooperativa.
Em resumo: cooperativas de serviços passam a recolher PIS e COFINS sobre o que recebem de terceiros não associados, respeitadas as exclusões e deduções legalmente previstas, ao passo que as receitas provenientes de operações puramente internas (entre a cooperativa e seus cooperados) continuam fora do alcance dessas contribuições.