A questão central foi saber se a MP nº 66/2002 e a Lei nº 10.637/2002 poderiam instituir, para o PIS, um modelo de não cumulatividade com majoração de alíquota e com exclusões setoriais, especialmente para empresas prestadoras de serviços, sem ofensa aos arts. 150, II, 195, § 9º e § 12, e 246 da Constituição. O STF assentou que o art. 246 não era obstáculo, porque a medida provisória não regulamentou emenda constitucional específica, mas instituiu nova disciplina tributária sobre contribuição já existente; além disso, o § 12 do art. 195, introduzido pela EC nº 42/2003, autorizou a lei a definir os setores sujeitos à não cumulatividade. No mérito, o Relator reconheceu que o regime legal é complexo e sofreu sucessivas alterações casuísticas, com perda de racionalidade e coerência, chegando a um quadro de 'processo de inconstitucionalização'. Ainda assim, concluiu que não havia base suficiente para declarar a invalidade do modelo como um todo, nem para impor ao Judiciário a substituição da opção legislativa por outro desenho tributário. Foram citados precedentes sobre a possibilidade de majoração de alíquota por medida provisória em contribuições sociais, como os julgados relativos à CSLL, e também a jurisprudência segundo a qual o Judiciário não deve atuar como legislador positivo para reequilibrar políticas fiscais. O voto vencedor também destacou que a não cumulatividade do PIS/Cofins, embora imperfeita, preserva a lógica de evitar o efeito cascata e pode coexistir com o regime cumulativo, desde que o legislador observe racionalidade, isonomia e coerência.