A controvérsia jurídica central consistiu em definir se, para a aposentadoria especial do professor prevista no art. 40, § 5º, da Constituição, podem ser computados tempos de serviço prestados em funções exercidas dentro da escola, mas fora da docência, especialmente em atividades de natureza administrativa. O STF partiu da redação constitucional que exige 'tempo de efetivo exercício das funções de magistério' e da Súmula 726, segundo a qual não se computa o tempo prestado fora da sala de aula.
O Tribunal também considerou o art. 67, § 2º, da Lei 9.394/1996, com a redação dada pela Lei 11.301/2006, que passou a considerar funções de magistério, para fins dos arts. 40, § 5º, e 201, § 8º, da Constituição, as exercidas por professores no desempenho de atividades educativas em estabelecimento de educação básica, incluídas a docência, a direção de unidade escolar e a coordenação e o assessoramento pedagógico. A interpretação conforme fixada na ADI 3.772 foi o precedente decisivo: nela, o STF assentou que a função de magistério não se limita à sala de aula, mas abrange também preparação de aulas, correção de provas, atendimento a pais e alunos, coordenação e assessoramento pedagógico, além da direção de unidade escolar, desde que exercidas por professores de carreira em estabelecimentos de ensino básico.
No RE 1.039.644, o STF reafirmou essa orientação e afastou a pretensão de ampliar o conceito para abarcar funções meramente administrativas, ainda que desempenhadas por professor dentro da escola. O acórdão destacou que não basta o vínculo com o ambiente escolar ou com a condição de professor; é necessário que a atividade esteja diretamente associada ao magistério, em especial às funções de direção, coordenação e assessoramento pedagógico. Foram mencionados, como reforço, julgados posteriores que aplicaram a ADI 3.772 e a Súmula 726, inclusive decisões em reclamação que repeliram a inclusão de tarefas administrativas no regime especial. Não houve revisão de tese; houve reafirmação da jurisprudência dominante.