O STF partiu da premissa de que a competência da Justiça Federal é excepcional e decorre das hipóteses constitucionais do art. 109 da Constituição. No caso, a Corte concentrou a ratio decidendi no art. 109, IV, ao reconhecer que a exportação clandestina de animais silvestres, especialmente quando envolve espécies ameaçadas, exóticas ou protegidas por compromissos internacionais, revela interesse direto e específico da União, porque o Brasil atua internacionalmente na proteção da fauna e da biodiversidade e assume obrigações de controle de entrada e saída de espécimes do território nacional. O voto do relator também examinou o art. 109, V, mas afastou sua incidência como fundamento autônomo suficiente, observando que a mera previsão em tratado ou convenção não basta sem a estrutura constitucional exigida para a competência federal. Foram mencionados os arts. 23, VII, e 225, caput, § 1º, VII, e § 3º, da Constituição, para demonstrar que a tutela ambiental é dever comum do Poder Público, mas que isso não elimina a competência federal quando houver interesse direto da União. O acórdão também dialogou com precedentes do próprio STF sobre a necessidade de interesse direto e específico da União para deslocar a competência, como os julgados relativos à Mata Atlântica e à fiscalização do IBAMA, além de referências ao HC 81.916, ao RE 349.184, ao RE 502.915 e ao RE 628.624, este último citado por analogia quanto à lógica da internacionalidade. Houve debate interno sobre a redação da tese: alguns ministros sugeriram formulações mais amplas ou mais restritas, mas prevaleceu a formulação final aprovada pelo Plenário, centrada no caráter transnacional do crime ambiental e na proteção de fauna silvestre, espécies ameaçadas, exóticas ou protegidas por compromissos internacionais assumidos pelo Brasil.