A controvérsia jurídica central foi saber se a isenção da COFINS concedida pela Lei Complementar 70/1991 poderia ser validamente revogada por lei ordinária, e se seria necessária lei complementar para tanto. O STF concluiu que sim, a revogação foi legítima, porque a LC 70/1991, embora formalmente complementar, é materialmente ordinária no que se refere aos dispositivos que instituíram a contribuição social sobre o faturamento. Assim, não havia reserva de lei complementar para disciplinar ou revogar a isenção. O Tribunal assentou que a Constituição não estabelece hierarquia entre lei complementar e lei ordinária, mas apenas distribuição material de competências legislativas. Foram invocados, entre outros, os arts. 195, I, e § 4º, e 154, I, da Constituição, além do precedente ADC 1, Rel. Min. Moreira Alves, que já apontava a natureza materialmente ordinária da LC 70/1991 quanto à COFINS. Nos embargos de declaração, discutiu-se ainda se a modulação de efeitos deveria observar o art. 27 da Lei 9.868/1999. A maioria, porém, rejeitou os embargos, entendendo que não havia omissão, contradição ou obscuridade no acórdão embargado, pois o Tribunal havia deliberado expressamente com base no art. 27. A divergência nos embargos girou em torno da possibilidade de reabrir a discussão sobre o quórum e sobre a própria incidência do art. 27 em decisão que não declarou inconstitucionalidade, mas a posição vencedora foi a de que o acórdão estava coerente e que eventual desacordo com a lei seria, quando muito, erro de julgamento, não vício embargável.