A questão jurídica central consistiu em definir se a incidência do IPI em dois momentos — no desembaraço aduaneiro e na saída do estabelecimento importador para comercialização, sem novo beneficiamento industrial — viola o princípio da isonomia tributária previsto no art. 150, II, da Constituição Federal.
Os dispositivos analisados foram: art. 153, IV, e § 3º, II (competência da União para instituir IPI e não-cumulatividade), art. 150, II (isonomia tributária) e art. 155, § 2º, XI, todos da CF/88; arts. 46, I, II e parágrafo único; 49; 51 e seus incisos e parágrafo único do CTN; art. 4º, I, da Lei 4.502/1964; art. 226 do Decreto 7.212/2010 (RIPI); e art. III do Acordo GATT, aprovado pelo Decreto Legislativo 30/1994 e Decreto 1.355/1994.
O acórdão vencedor, redigido pelo Min. Alexandre de Moraes, afastou a tese da bitributação ao reconhecer que as hipóteses de incidência dos incisos I e II do art. 46 do CTN não são excludentes: configuram fatos geradores autônomos e distintos, incidentes sobre bases de cálculo diversas. No desembaraço aduaneiro, a base de cálculo é o valor aduaneiro acrescido dos tributos de importação e encargos cambiais; na saída do estabelecimento, a base é o valor total da operação de venda, que incorpora a margem de lucro do importador. Segundo a maioria, apenas com a segunda incidência é possível alcançar o valor agregado pelo importador no mercado interno, equiparando a tributação do produto importado à do produto nacional.
O argumento central da corrente vencedora foi o da isonomia: se o IPI incidisse apenas no desembaraço aduaneiro, o produto importado chegaria ao consumidor final com carga tributária inferior à do similar nacional, que tem o imposto calculado sobre o preço de venda ao mercado, incluindo o lucro do industrial. A equiparação do importador ao industrial (arts. 51, II, e parágrafo único do CTN, e art. 4º, I, da Lei 4.502/1964) seria constitucionalmente legítima e necessária para garantir neutralidade tributária. O princípio da não-cumulatividade (art. 153, § 3º, II, CF) funcionaria como mecanismo de ajuste: o importador credita-se do IPI pago no desembaraço para abater do devido na saída, evitando oneração excessiva.
O Min. Dias Toffoli levantou questão preliminar sobre a natureza infraconstitucional da discussão, propondo aplicar efeitos de ausência de repercussão geral, mas restou vencido nesse ponto. Ficou vencida, no mérito, a corrente liderada pelo Min. Marco Aurélio (relator), acompanhado pelos Ministros Edson Fachin, Rosa Weber e Roberto Barroso, que entendiam inconstitucional a segunda incidência por ausência de ato de industrialização pelo importador, com risco de invasão da competência estadual do ICMS e violação ao princípio do tratamento nacional do GATT.
Como precedentes relevantes foram citados: RE 723.651 (Tema 643 — IPI na importação de veículos por pessoa natural), EREsp 1.403.532/SC (STJ — tese repetitiva sobre dupla incidência do IPI), EREsp 1.411.749/PR (STJ — entendimento contrário, posteriormente superado), RE 229.096 (recepção do GATT com status supralegal), e RE 607.607/RS-ED (efeitos de julgamento de questão infraconstitucional pelo Plenário).