Quando uma pessoa está cumprindo pena e surge uma nova condenação definitiva, as penas são somadas — esse processo é chamado de 'unificação de penas'. Antes deste julgamento, havia entendimento — tanto no STJ quanto no STF — de que essa unificação reiniciava o 'relógio' do preso: toda a fração de pena já cumprida para fins de progressão de regime era desconsiderada, e o prazo começava a correr novamente a partir do trânsito em julgado da nova sentença.
Com o Tema 1006, o STJ virou essa página. A Terceira Seção decidiu, por unanimidade, que a unificação de penas não apaga o tempo já cumprido para fins de benefícios como a progressão de regime. O preso que já havia cumprido, por exemplo, 1/6 da pena para progredir do regime fechado ao semiaberto mantém esse período computado — o 'relógio' não zera.
Por que essa mudança? O tribunal identificou três problemas graves na regra anterior. Primeiro, não há lei que autorize o reinício da contagem: a LEP prevê a soma das penas e a eventual regressão de regime, mas silencia sobre a alteração da data-base. Segundo, quando o crime novo ocorre durante a execução e já foi tratado como falta disciplinar grave, seus efeitos (inclusive o reinício do prazo) já foram aplicados naquele momento — permitir que o trânsito em julgado da sentença pelo mesmo fato reiniciasse tudo de novo seria punir duas vezes pelo mesmo evento. Terceiro, a regra anterior criava uma injustiça: o preso que se comportou bem e já havia progredido ficava em situação pior do que aquele que nunca progrediu, o que contraria o princípio constitucional de que a pena deve ser individualizada.
Na prática, a decisão beneficia diretamente os apenados que passam pela unificação de penas, pois preserva o tempo de pena já cumprido para o cômputo de benefícios executórios. Para o sistema de justiça criminal, a tese vinculante elimina a insegurança jurídica que gerava inúmeros recursos e habeas corpus sobre o mesmo tema nos tribunais de todo o país.