O ICMS é um imposto estadual que incide sobre a circulação de mercadorias. Sua base de cálculo, nas operações mais comuns, é o 'valor da operação' — grosso modo, o preço cobrado pelo vendedor na venda da mercadoria ou na prestação do serviço.
O PIS e a Cofins são contribuições federais que incidem sobre as receitas das empresas. Quando uma empresa vende uma mercadoria, ela paga essas contribuições sobre o valor que recebe. Para não ter seu lucro reduzido por esse custo, a empresa o repassa ao comprador embutindo-o no preço final cobrado. Esse fenômeno é chamado de 'repasse econômico': juridicamente, quem deve pagar o PIS e a Cofins ao governo federal é a própria empresa (é ela o contribuinte legal); economicamente, porém, o ônus financeiro cai sobre o consumidor, pois o preço cobrado já inclui esses valores.
A discussão no Tema 1223 do STJ foi: esse valor referente ao PIS e à Cofins, que está embutido no preço cobrado, deve ou não integrar a base de cálculo do ICMS?
O STJ respondeu que sim. O raciocínio é o seguinte: como o PIS e a Cofins são incorporados ao preço que o vendedor cobra, eles passam a fazer parte do 'valor da operação'. E é justamente esse valor total — incluindo todos os componentes do preço — que serve de base para o cálculo do ICMS. Não existe nenhuma lei que determine a exclusão do PIS e da Cofins dessa base, e a Constituição Federal exige lei específica para que qualquer valor seja retirado da base de cálculo de um tributo.
Para fins práticos, o impacto é direto sobre os contribuintes que realizam operações sujeitas ao ICMS: não é possível pleitear a restituição ou a exclusão do PIS e da Cofins do cálculo do ICMS com base no argumento de ilegalidade, pois o STJ consolidou que essa prática é legal. A tese é vinculante e se aplica a todos os casos que discutam a mesma questão.
Importante destacar que essa conclusão é independente e não contraria o entendimento do STF no Tema 69 (RE 574.706), que tratou de questão inversa e distinta: a exclusão do ICMS da base de cálculo do PIS e da Cofins. São matérias diferentes, com fundamentos legais e constitucionais próprios, e os dois entendimentos coexistem sem contradição.