A controvérsia jurídica central foi saber se a remissão/anistia prevista no art. 1º, §3º, da Lei n. 11.941/2009 pode alcançar crédito tributário já confirmado por decisão transitada em julgado, desde que ainda não tenha ocorrido a transformação do depósito em pagamento definitivo, e se a remissão dos juros de mora autoriza o levantamento da diferença entre esses juros e a remuneração do depósito judicial. O STJ assentou que, em regra, a remissão e a anistia incidem sobre créditos tributários já constituídos e existentes ao tempo da lei, salvo exclusão legal expressa, porque o crédito só se extingue com o pagamento ou com a transformação do depósito em pagamento definitivo, nos termos do art. 156, I, do CTN e do art. 1º, §3º, da Lei n. 9.703/98. Também afirmou que o art. 10 da Lei n. 11.941/2009 autoriza a conversão dos depósitos existentes em renda da União após a aplicação das reduções, e que o art. 9º da mesma lei limita os benefícios aos 'saldos devedores'.
O acórdão afastou a incidência da Súmula 126/STJ quanto à tese da remissão/anistia porque a discussão sobre isonomia foi usada nas instâncias ordinárias apenas para admitir o aproveitamento do benefício, enquanto a definição sobre a devolução dos juros foi resolvida por interpretação infraconstitucional. Também superou, no voto do relator, o entendimento da Segunda Turma no REsp 1.240.295/SC, ao afirmar que a coisa julgada que confirma o crédito não impede a incidência superveniente de norma remissiva, se o crédito ainda não foi extinto.
Quanto aos juros, o Tribunal distinguiu o crédito tributário do depósito judicial: a remissão alcança juros de mora que integrem o crédito, não os juros remuneratórios do depósito. Assim, se o depósito foi feito antes do vencimento, não existem multa, juros de mora ou encargo legal na composição do débito, de modo que não há rubrica a ser remitida nem diferença a ser devolvida. Foram citados, entre outros, o art. 151, II, do CTN; o art. 9º da LEF; o art. 337 do CC; o art. 10 da Lei n. 11.941/2009; o art. 32 da Portaria Conjunta PGFN/RFB n. 6/2009, com a redação da Portaria Conjunta PGFN/RFB n. 10/2009; e o precedente REsp 392.879/RS, da Primeira Turma, sobre a titularidade dos juros do depósito judicial.