Em termos simples, o STJ decidiu no Tema 1109 que, quando a Administração Pública muda seu entendimento e passa a reconhecer um direito de servidor público que antes negava, ela não perde automaticamente o direito de invocar a prescrição das parcelas mais antigas.
A situação concreta é a seguinte: muitos servidores se aposentaram sem ter computado o tempo trabalhado em condições insalubres antes do Regime Jurídico Único (Lei n. 8.112/1990). Anos depois, o TCU mudou seu entendimento (Acórdão n. 2008/2006) e a Administração passou a aceitar a revisão desses atos de aposentadoria. Ao fazê-lo, fixou os efeitos financeiros a partir de 2006 — e não desde a data da aposentadoria original —, respeitando a prescrição quinquenal. Servidores, então, foram ao Judiciário pedindo que os pagamentos retroagissem até a data da aposentadoria, argumentando que o próprio reconhecimento administrativo do direito significaria uma 'renúncia tácita' à prescrição, com base no art. 191 do Código Civil.
O STJ rejeitou esse argumento por duas razões principais:
Primeiro, no direito público, a Administração só pode abrir mão de um prazo prescricional que já correu em seu favor se houver lei específica autorizando isso. Trata-se de princípio de proteção ao interesse público e ao patrimônio do Estado. Sem essa lei, o reconhecimento administrativo não tem o poder de 'apagar' a prescrição já consumada.
Segundo, aceitar a tese contrária criaria um efeito perverso: a Administração que age de forma correta e benevolente — reconhecendo direitos e evitando o Judiciário — seria penalizada com uma condenação muito mais pesada do que a que sofreria se simplesmente negasse o pedido e esperasse a ação judicial. Isso desincentivaria a solução administrativa dos conflitos.
Na prática, o resultado para os servidores é que o reconhecimento administrativo do direito não elimina a prescrição quinquenal. As diferenças financeiras devidas são contadas a partir dos cinco anos anteriores ao requerimento administrativo — e não desde a data da aposentadoria original. Parcelas anteriores a esse quinquênio estão prescritas e não podem ser cobradas judicialmente, independentemente de a Administração ter reconhecido o direito posteriormente.