Em linguagem simples: quando uma empresa importa mercadorias do exterior, ela paga, entre outros tributos, o PIS e a COFINS sobre a importação. A Constituição Federal diz que essas contribuições, quando calculadas com base em percentual do valor (alíquota ad valorem), devem incidir sobre o chamado 'valor aduaneiro' — que é, basicamente, o preço da mercadoria incluindo frete e seguro até sua entrada no Brasil, conforme regras internacionais do GATT/OMC.
A Lei 10.865/2004 foi além disso: ela mandou calcular o PIS e a COFINS-Importação não apenas sobre esse valor aduaneiro, mas também sobre o valor do ICMS pago no desembaraço aduaneiro e sobre o próprio valor do PIS e da COFINS que seriam devidos — um 'imposto sobre imposto'. Isso tornava o cálculo tão complexo que a própria Receita Federal precisou publicar uma fórmula matemática especial para que os contribuintes conseguissem apurar quanto deviam pagar.
O STF declarou essa parte da lei inconstitucional. Para o Tribunal, o legislador ordinário não pode alargar a base de cálculo dos tributos para além do que a Constituição expressamente autoriza. O conceito de 'valor aduaneiro' tem um significado técnico bem definido, estabelecido por tratados internacionais dos quais o Brasil é signatário, e a lei não pode mudar esse significado para cobrar mais impostos.
A União tentou justificar a medida dizendo que era necessária para igualar o tratamento tributário dos produtos nacionais e dos importados (isonomia). O STF rejeitou esse argumento: se a lei quer equiparar a tributação, deve fazê-lo por meios legítimos — como ajustar alíquotas —, não violando o limite constitucional da base de cálculo.
Na prática, a decisão significa que: (i) o PIS e a COFINS sobre importações devem incidir apenas sobre o valor aduaneiro da mercadoria, sem acréscimo do ICMS ou das próprias contribuições; (ii) empresas que recolheram a mais por conta da regra inconstitucional têm direito de pedir de volta os valores pagos indevidamente, respeitados os prazos de prescrição (geralmente 5 anos). A União chegou a pedir que a decisão valesse apenas para o futuro (modulação), mas o STF negou esse pedido, garantindo assim o direito à devolução dos valores pagos a maior no passado.